Más tarde, después de la insurgencia / rebelión del General Zod (Dru-Zod), Zod y su consorte Aethyr-Ka, así como su hombre musculoso Nam-Ek, fueron encarcelados en la Zona Fantasma. Cuando se niega a unirse a ellos en su búsqueda para subyugar la Tierra, los kryptonianos intentan desterrar a Clark a la Zona Fantasma usando un brazalete metálico (inscrito con símbolos kryptonianos) que abre un vórtice. En el episodio «Soledad», la inteligencia artificial kryptoniana conocida como Brainiac (haciéndose pasar por el profesor Milton Fine) manipula a Clark para que crea que Jor-El es responsable de la misteriosa enfermedad de Martha. En el episodio de Liga de la Justicia Ilimitada, «The Doomsday Sanction», Superman y la Liga de la Justicia envían al casi imparable Doomsday a la Zona Fantasma después de su captura. La Zona Fantasma aparece en el episodio «Field Trip» de Justice League Action. Aparte de su entrada, la Zona Fantasma se representa como un cuadrado negro flotante, similar a su representación en las películas de Superman. En la serie animada Legion of Super Heroes, la Zona Fantasma se acerca a su representación clásica como una dimensión paralela a la que se envían los criminales.